Depo temizliği için suyun tamamen boşaltılması gerekmektedir. Depo içerisi aydınlatılmalıdır. Depo zemininde bulunan çamur tarzı şeyler ilk olarak temizlenmelidir. Yüzde 10'luk çamaşır suyu ve su hazırlanarak elde edilen karışımla depo içi yıkanarak hastalık yapıcı mikroorganizmaları öldürmek amaçlanır.